После победы над Империумом ниндзя начинают осваиваться в новой жизни. Ллойду становится всё труднее совмещать обязанности ниндзя, наставника и хранителя Монастыря. Они успешно предотвращают очередное Сотрясение Слияния, но такие явления становятся всё более частыми.
Исследования Нии приводят их к храму, в котором хранятся три Драконьих Ядра, способных навсегда остановить катастрофические сотрясения. Тем временем Беатрикс замышляет месть и планирует украсть Ядра, чтобы превратить их в оружие.